中心主任负责制：实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。中心主任全面负责中心的工作。

技术委员会指导制：技术委员会对中心的研究领域、研究方向进行指导，对中心的建设和发展提出指导意见。技术委员会是工程中心的学术指导机构，负责审议工程中心的人才培养、科学研究和社会服务规划，指导研究方向，审议工程中心重大学术活动与年度工作总结报告，审批开放基金课题，组织项目评审与成果评价等。学术委员会会议每年至少召开一次。

人事管理机制：实行固定与流动人员相结合的用人制度，按需设岗。